La SQÉR est une société en constante évolution. Elle est née en 1989 de l'initiative d'un petit groupe de chercheurs de diverses provenances qui voulaient se donner une plate-forme francophone permettant la mise en commun des forces vives des spécialistes du domaine des sciences de la religion. Dès le départ le congrés annuel de l'ACFAS a été privilégié pour mettre en valeur les activités scientifiques des membres de la société. Mais la SQÉR ne s'occupe pas uniquement de la mise en place de la section des sciences religieuses du Congrès de l'ACFAS.

Le but de la Société est de promouvoir la recherche, l'enseignement et la diffusion des connaissances dans les disciplines ayant pour objet l'étude de la religion. Elle réunit des spécialistes provenant du Québec, du Canada français et d'autres horizons géographiques et culturels, qui s'intéressent à la production québécoise ou canadienne dans le domaine de l'étude de la religion.